离开心爱的绿茵赛场，范巴斯滕数年未曾再接触足球场上的一切。直到2002年8月，受到老东家多次邀请后，范巴斯滕才参加荷兰足球教练培训班，开始在阿贾克斯俱乐部的青年队担当教练。2003年7月，范巴斯滕出任阿贾克斯预备队教练。在这期间，俱乐部中曾有一位年轻球员挑衅范巴斯滕：“你是不是就是范巴斯滕?你有什么能耐，就拿出来看看!”可惜范巴斯滕脚伤未愈，没能满足他的要求。这位年轻小将我们也并不陌生，那就是如今依旧在圣西罗闪光的伊布。
2004年7月，仅仅获得教练资格证一年的范巴斯滕被委任为荷兰国家队主帅。相对于克鲁伊夫对于传控战术的深邃影响，范巴斯滕的执教理念如同90年代初意甲战术的翻版，重视反击和防守，这样的球风，自然不适用于荷兰足球。小组赛艰难击败塞黑和科特迪瓦之后，球队又与阿根廷战平。1/8决赛上，范巴斯滕的球队遭遇了斯科拉里的葡萄牙。全场比赛中，主裁判共向双方球员出示了16张黄牌和4张红牌，创造了世界杯历史的纪录。而在本场比赛中，球队王牌前锋范尼甚至未曾获得1分钟出场机会，球队的首发前锋库伊特和替补前锋海塞林克挥霍无数机会，荷兰以0-1的比分再次止步16强。在日后范巴斯滕的自传中，他回忆了当时他与范尼的矛盾。由于小组赛状态不佳，小组赛第三场对阵阿根廷的焦点战，范尼被早早换下，这也在皇马射手的心中埋下了不满的种子。在与葡萄牙比赛的前一天，“范尼在训练的时候爆发了。他怒斥助教范斯奇普并踢飞了一个球，在场所有人都听到了他的话，目睹了他的行为。”在赛前新闻发布会上，范巴斯滕向媒体透露了范尼不会首发的消息，然而在此之前，他却并未告知范尼这一消息，这也就引起了当家射手的更大不满。在世界杯后的半年时间，范尼又多次落选范巴斯滕治下的荷兰队，两人之间的矛盾彻底爆发，最终范尼在2007年1月宣布退出国家队。
日后回顾起这段故事，范巴斯滕也有不少感慨。作为助教，范巴斯滕或许是完美的人选，可一旦执掌全队，他便性情大变，无法接受失败的本性让其焦躁易怒，无法与人平和交流，因此无力成为最好的统帅。“我天生就不是个好教练，我可以训练球员，和他们谈论足球，但是执教球队输球太让人痛苦了，我无法忍受这样的生活。作为教练，你对待球员时刻要保持积极态度，就像是父亲对待儿子，这个我做不到。”尽管与范尼曾经撕破脸皮，但还好双方之间的争执，也仅仅止于足球场上。荷兰队队长范德萨建议范巴斯滕亲自前往马德里，与范尼冰释前嫌，范巴斯滕采纳了他的建议。在马德里，两代荷兰前锋促膝长谈，化解了矛盾。2007年7月，范尼时隔一年重返荷兰国家队。2008年的欧洲杯上，荷兰队小组赛横扫法国、，正当所有人都把范巴斯滕的郁金香军团看做是夺冠热门时，球队却爆冷在1/4决赛中，被荷兰老乡希丁克的俄罗斯击败。而这年的小组赛，却已经是范巴斯滕短暂执教生涯的最高光时刻。高潮戛然而止，一如15年前夏天倒在中圈的红黑9号，这是范巴斯滕逃不出的宿命。
球迷们希望范巴斯滕可以在绿茵场和教练席上复刻克鲁伊夫的传奇，然而两代射手的天赋不尽相同，范巴斯滕只适合做那个永载史册的伟大前锋。15岁时，范巴斯滕第一次遇见克鲁伊夫，他想要告诉克圣，“记住我吧，因为在未来我们还会再见面。”17岁时，范巴斯滕职业生涯首秀，替换下的球员正是克鲁伊夫。20岁时，阿贾克斯将帅内讧不止，又是范巴斯滕等核心球员的力挺，帮助克鲁伊夫从同城死敌费耶诺德回归老东家，执掌教鞭开启自己的教练之路，两人也开始了一段为期两年的师徒情谊。2008年初，克鲁伊夫离开巴萨，重返阿贾克斯出任球队技术顾问，并力挺爱徒范巴斯滕在欧洲杯后执教阿贾克斯。从荷兰队铩羽而归之后，范巴斯滕执掌自己的老东家阿贾克斯，然后克鲁伊夫却因与其青训观念不和，离开球队。
待到2010年，已经马丁-约尔执教的阿贾克斯完败于穆里尼奥的皇马，克鲁伊夫趁机掀起革命，炮轰球队高层，意欲重掌俱乐部上上下下大小事务。随着2011年6月，克圣再度出任阿贾克斯顾问，他所推崇的克鲁伊夫计划也成为了俱乐部运营的准绳。然而这样重视本土青训，反对商业开发的计划，获得收益的时间却并不可知。在反对克鲁伊夫计划的声音中，也不乏范巴斯滕的声讨。在荷兰《电讯报》的专栏中，范巴斯滕如此评价了克鲁伊夫计划：“我心里的约翰是一位超级好的人。温暖，自然，阅历丰富。我们两人已经相识多年，我曾在球场上与他并肩作战，也曾互为对手。他曾是我的教练。我曾是他的座上客。我们曾经一起打高尔夫。但几年前我们在一起讨论过阿贾克斯应往哪个方向发展，他变得十分具有攻击性。他的语调让我感到吃惊，他的态度很激烈，也显得不可理喻。我不同意他的看法，因此我们的关系破裂了。‘你就等着看吧’，约翰说道。我等了好几年，仍然不知道他意指为何。”
范巴斯滕嘲讽的掌控欲，却也是他昔日执教范尼时的恶习，只不过在管理层的岗位上，克鲁伊夫拥有他所不具备的执着和坚持。“克鲁伊夫是我的教练，他也像我的朋友，我非常热爱和他一起训练。他是我心中的英雄，我最好的榜样。”巴斯滕回忆道，“但是在阿贾克斯，我们的观点很不一样，这种感觉很不好，但是在老师和学生之间，有时候这种事情就是会发生。有时候，他向东，我向西。”
2015年夏天，克鲁伊夫辞去阿贾克斯顾问一职，次年3月，一代传奇溘然长逝。克鲁伊夫计划破产之后，依赖这一计划而成长迅速的德里赫特和德容等贾府青年才俊，率领球队相继杀入欧联决赛及欧冠四强。直到克鲁伊夫过世后，在都灵的一次高尔夫球比赛中，范巴斯滕偶遇克鲁伊夫遗孀丹妮，才从其口中得知，偶像最中意的两个弟子，一个是瓜迪奥拉，另一个便是他。
“当我执教荷兰队的时候，可能我太强势，方式太激烈，太直接了，我对范尼是这样，就像当初克鲁伊夫对待我的方式一样。或许我对待范尼的方式不应该那样激烈。”
“like father like son”这句俗语，或许既是克鲁伊夫与范巴斯滕的回忆，也是范巴斯滕与范尼的故事。
