皇马主席弗洛伦蒂诺在2000年上任后，开启了每个赛季都签下巨星的转会政策，把皇马打造为群星闪耀的银河战舰。而菲戈就是弗洛伦蒂诺主席上任后的首笔引援，菲戈在皇马的表现也对得起俱乐部付出的高额转会费。
菲戈在加盟皇马的第一个赛季，就在各项赛事中出场50次，打进14球助攻25次，这创造了菲戈职业生涯中单赛季进球最多(并列)和助攻最多的纪录。而皇马也夺得了2000-01赛季的西甲冠军，这是皇马时隔四年后夺得联赛冠军。此外皇马还杀进那个赛季的欧冠半决赛。
在国际足联2000年的世界足球先生评选中，菲戈以329分对370分的微弱劣势输给了齐达内，当时菲戈不服气地表示：“虽然齐达内在欧洲杯的一个月中表现很出色，但他还不足以当选本年度世界足球先生。我希望能在明年当选世界足球先生，我会用表现来证明自己。”巧合的是在半年之后，齐达内加盟皇马，成为了菲戈的队友。
菲戈在接下来的2001年继续拿出精彩发挥，并且获得了2001年世界足球先生，达到了自己职业生涯的巅峰。而皇马也在2001-02赛季获得了队史第九次欧冠冠军，这也是菲戈职业生涯唯一的欧冠奖杯。不过在2002年3月7日，恰逢俱乐部成立一百周年的皇马在庆典当天进行的国王杯决赛中，主场1-2负于拉科鲁尼亚，让当时来到伯纳乌球场观战的众多名宿和嘉宾尴尬不已。
2002-03赛季，菲戈在西甲打进10球助攻13次，这是他唯一一次单赛季联赛进球数上双。这个赛季皇马夺得了西甲冠军，但在欧冠半决赛皇马两回合总比分3-4被尤文淘汰，菲戈在第68分钟罚失点球。此外在国王杯比赛中，皇马0-4惨败给马洛卡尴尬出局。
这支皇马虽然巨星很多，但已经逐渐攻守失衡。不过皇马主席弗洛伦蒂诺却把主帅博斯克视为替罪羊，在皇马夺得西甲冠军的第二天，皇马宣布主帅博斯克和队长耶罗同时离队，曼联助教奎罗斯成为皇马新主帅。
在2003年夏天，皇马签下了又一位巨星贝克汉姆。为了能让菲戈和贝克汉姆两位右中场同时出场，贝克汉姆改踢后腰位置，而菲戈留在了右边路。那个夏天巨星云集的皇马还来到踢热身赛，并吸引了大批球迷的关注。可是过多的商业活动影响了球队的夏训备战工作。
2003-04赛季皇马一度升至西甲积分榜首位，但在最后五轮西甲联赛遭遇五连败崩盘，最终只获得西甲第四名。此外皇马在欧冠四分之一决赛输给了法甲球队摩纳哥，在国王杯决赛输给萨拉戈萨，最终菲戈经历了一个一无所获的赛季，奎罗斯也黯然下课。
2004年夏天皇马签下了萨穆埃尔和欧文，队内球星更多，但皇马在2004-05赛季继续陷入动荡期。主帅卡马乔只执教三轮联赛就因为更衣室问题宣布辞职，之后皇马由助教雷蒙担任临时主帅。而三个月后雷蒙也宣布辞职，前巴西国家队主帅卢森博格成为本赛季皇马的第三任主帅。正是在卢森博格执教期间，菲戈在皇马逐渐失去了主力位置。
菲戈在本赛季西甲只打进3球助攻4次，表现明显下滑。最终这个赛季皇马只获得西甲第二、欧冠16强、国王杯16强，再一次无缘奖杯。而32岁的菲戈也不想留在皇马担任替补，合同还剩一年的他在2005年夏天和俱乐部协商解约，随后自由加盟了意甲豪门国际米兰。菲戈是首位离开皇马的巨星，这也是银河战舰崩溃的开始。
